指針では、都道府県や保健所がある市町村などに対し、ウイルスの検査や蚊の駆除を行う態勢を整備するとともに、都道府県ごとに感染症の専門家や医療関係者らで作る対策会議を設けて地域の実情に応じた対策を取るよう求めています。